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知觉是外界刺激作用于感官时，人脑对外界的整体的看法和理解，它为我们对外界的感觉信息进行组织和解释。急性脑炎最常见的症状是出现持续性高烧、知觉消失、神志不清、深度昏迷与抽筋等。

猪通过蚊子叮咬而被感染，感染后产生病毒血症，并持续12h到几天。日本脑炎病毒在猪体内的增殖模式尚未清楚，但自人、猴和小鼠已获得一些资料。在病毒血症发生后，病毒散布到血管众多的组织如肝、脾和肌肉，在那里进一步增殖而强化了病毒血症。病毒进入中枢神经系统的方式是经由脑脊髓液，通过内皮细胞、巨噬细胞和淋巴细胞的感染，或血源性途径。在人和小鼠中，JEV感染后选择性地破坏神经元，大多数在脑干、丘脑、基底神经节和皮质下层。

感知觉是人脑对直接作用于感觉器官的客观事物各种属性、各个部分及其相互关系的整体反映。与感觉相比，知觉反映的是客观事物的整体属性，是多种感觉协同活动的结果。根据不同标准可以将知觉进行分类。根据知觉过程中起主导作用的分析器的不同，知觉可以分为视知觉、听知觉、触知觉、嗅知觉、味知觉等。日本脑炎的潜伏期为5~15天。主要的症状为发烧、抽筋与深度昏迷。