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小肠液是由小肠粘膜中的小肠腺所分泌。呈弱碱性。成人每日分泌量约1～3L。小肠液边分泌边吸收，这种液体的交流为小肠内营养物质的吸收提供了媒介。 小肠液中除水和电解质外，还含有粘液、免疫蛋白和两种酶：肠激酶(能激活胰蛋白酶原，见前文)和小肠淀粉酶。过去认为小肠液中还含有其它各种消化酶，但现已证明，其它各种消化酶并非小肠腺的分泌物，而是存在于小肠粘膜上皮细胞内。它们是分解多肽为氨基酸的几种肽酶以及分解双糖为单糖的几种单糖酶。当营养物质被吸收入上皮细胞内以后，这些消化酶继续对营养物质进行消化。随着绒毛顶端的上皮细胞脱落，这些消化酶则进入小肠液中。

小肠内的低pH 使得某些初级胆酸不能溶解，脂质微团形成减少，而后者是脂肪酸和单酸甘油酯吸收所必需的。胃泌素瘤病人可能有维生素B12 吸收不良，这与内因子无关，虽然胃分泌内因子的功能正常，但小肠内低pH 却影响了内因子促进远端空肠吸收维生素B12的功能，当肠腔pH 调整到7 时，此功能则重新恢复。

小肠内的低pH使得某些初级胆酸不能溶解，脂质微团形成减少。进入小肠的就是葡萄糖，肽链，胃蛋白酶，胃淀粉酶，还有少许未被分解完的淀粉等。此时葡萄糖可以直接被小肠吸收，而肽链则继续要经过肠肽酶将被分解为成千上万个氨基酸分子，再就可以直接被小肠吸收了。胃中的pH值大约是2.0，而小肠的环境酸度比这小得多，大约是6.8，于是胃蛋白酶和胃淀粉酶失活，被小肠分解。